Códigos fonte em Python são interpretados, ou seja, são compilados na hora de executar. Os arquivos compilados (bytecode na verdade) tem a extensão .pyc mas você não precisa deles.
É importante notar que a engenharia reversa de um arquivo .pyc é muito simples de fazer. Mas se você quiser realmente converter para arquivos binários o seu código Python você pode usar o Cython.
Veja este excelente tutorial da Medium: https://medium.com/@xpl/protecting-python-sources-using-cython-dcd940bb188e